想找一部动漫，世界上就剩一个男人了，他制造了女机器人，教会了她生命的意义，最后男主去世了？

应该是向阳之诗吧，乙一的著作《ZOO》中上部的第五篇《向阳之诗》。

符合你说的男人创造出一个女机器人，她学到了生命的意义，也有兔子死亡。

但你说的那个男人，不是人，他也是机器人，但生命到了尽头，女机器人是为了安葬他才造出来的。