神奇宝贝:梦幻神奇宝贝恶灵生日的电影情节。

为了实现一个关于传说中神奇宝贝的预言，神奇宝贝收藏家吉尔·鲁泰试图捕捉火焰鸟、闪电鸟和冰冻鸟，以最终捕捉“海神”洛奇亚。吉尔·鲁泰乘气垫船航行到奥兰治群岛的核心，并成功占领了火焰鸟。但神鸟为了平衡势力范围，造成了世界范围的气候崩溃，导致了全球范围内灾难性天气的发生。肖智一行人被困在风暴中，被冲上了奥兰治群岛中心的亚洲岛。得知岛上的大型庆典即将开始，小智被庆典圣女——一个叫芙露拉的女孩选为“指挥”。

在庆功宴上，福禄拉告诉肖智，他必须去三圣鸟岛取回三个玻璃球，并把它们带回由河马王守卫的亚洲岛神庙，在那里福禄拉将演奏庆功曲——实际上是洛奇亚之歌。小智立刻带着焦急的皮卡丘出发了。在被队长小美带到火之岛后，皮卡丘找到了火焰鸟的宝藏，但受到了火箭的干扰。小霞、肖剑和芙露拉乘坐小梅的多用途船抵达，随后是试图征服小岛的闪电鸟。吉列夫人现身诱捕闪电鸟，误抓小智一行。与此同时，达木博士、内木博士和小智的母亲华子乘直升机赶往亚洲岛，但他们最终在岛上失去控制。吉列夫人释放了肖智和她的同伴，并试图抓住冻僵的鸟，但在执行过程中意外唤醒了洛奇亚。与此同时，肖志一行设法释放了火焰鸟和闪电鸟，并撞毁了气垫船。

之后，火焰鸟、闪电鸟和冰冻鸟展开了一场战斗，释放出他们所有的能量试图摧毁对方。肖志一行在试图脱险的过程中得到了闪电鸟的宝藏，被洛奇亚带来的神秘洋流带回亚洲岛。洛奇亚试图独自打断这场战斗，但被三只神鸟的力量压制住了。通过心灵感应，洛奇亚指出三只神鸟的战斗和恶劣天气可以由“指挥官”——肖智来终止。小智同意去冰岛取回最后的宝藏，但他的去路被三只神鸟挡住了。火箭乘坐一艘冲锋舟抵达——由垃圾和报废的直升机螺旋桨改装而成，希望通过拯救世界来继续他们的恶行。一群人赶到冻鸟庙取回了财宝，但在他们动身回家之前，三只鸟出现了。闪电鸟摧毁了冲锋舟，肖智目睹了冰冻鸟被闪电鸟和火焰鸟重创。洛奇亚救出了肖智和皮卡丘，火箭在意识到自己拖后腿后决定跳海。吉列夫人试图抓住洛奇亚，但洛奇亚用空中爆炸摧毁了气垫船，并在落入大海前抛出了小智和皮卡丘。

小霞和肖剑救出了肖智和皮卡丘，他们冒险来到神庙，把最后一件宝物和前一件放在一起。富鲁拉演奏了洛奇亚之歌，结束了飓风和三只鸟之间的战斗。洛奇亚从海上升起，带来的洋流导致了气候的巨大变化。后来，这三只鸟回到了各自的岛上。谢过肖智之后，洛奇亚离开了。华子和两个医生赶到了。前者目睹了儿子的所作所为，并警告他要更加小心。小智一一服从了他们。一天后，当火箭抵达该岛时，河马王告诉他们，观众已经看到了他们的善举。这三个人开始检查和改变他们所做的。