阿笠博士是名侦探柯南的终极老板吗？
也有很多证据支持“阿笠博士=老板”。这里有一些收集到的证据。
早在178集，证据就浮出水面了。我很惊讶他们对足原的行为了如指掌。他们似乎很确定足原一定会来参加追悼会。大多数人只看头发，谁知道是谁。“但是，如果医生真的是老板，这并不奇怪。在那段时间里，柯南和阿笠博士没有在一起，医生永远不会知道柯南做了什么。BOSS，柯南和芦原在去追悼会之前一直在一起，柯南知道安排，让他可以“对芦原的行动了如指掌”。另外，柯南与黑暗组织的一系列对抗，无论是第176-179集，第309-311集，第345集，还是第425集，都有出现，对柯南的行动有着清晰的把握。但在《红黑碰撞》系列中，出现的频率相对较少。如果这是因为他在计划什么(拯救水无怜奈)，那也不是不可能。
②“A Li”这个词，如果拆解成“李阿祝”，用日语反过来拼，就是拉丁文的莫里亚蒂。因此，阿笠博士实际上应该被称为莫里亚蒂教授——那是柯南·道尔与夏洛克·福尔摩斯的亲密对手，他被称为“罪犯中的天才”。罪犯中的天才，不就是一个庞大黑暗组织的老大吗？
394集之前，医生问柯南:“心怡，那是什么？”(柯南正在摆弄手机的按键按出七个孩子的几个音符，是BOSS邮箱的一部分)，然后他说:“对，是七个孩子这首歌。是七个孩子，我知道。”然后我唱了之前的歌词:“乌鸦，你为什么在唱歌？”然后他说:“我过去常常在放学的路上唱这首歌。”而秀秀对歌曲的喜爱的样子，也带着干笑。这就让人生疑了(BOSS肯定对这首歌有特殊的感情)。柯南确认那些笔记是邮件地址后，医生不自然地笑了笑，说:“这怎么可能？”而且他好像很怕柯南发邮件到邮箱。另外，早在第一集，柯南向工藤新一博士说明自己是时，柯南博士马上郑重告知新一博士在柯南面前隐藏身份，而粗心博士会如此谨慎，生怕新一博士抖出组织，这也有些可疑。
④在剧场版的《天堂倒计时》中，有一个测试人未来外貌的机器。布美用了机器后，从机器里出来的照片里变化明显，医生变化不大。这是什么意思？请想想朱迪问贝尔摩:“你为什么不变老？”十年后，如果有人问医生:“你为什么不老？”两者之间的联系更支持猜想。(也许贝尔摩和医生都吃过药，也许是APTX4869。
⑤傅莎华是博士的初恋情人。有人说，傅沙的画和贝尔莫尔的有些相似。贝尔摩是老板喜欢的人。有什么联系吗？
6.医生没有固定职业，只是一个疯狂的科学家。这也符合BOSS的特点。另外，医生没有固定工作。他哪来那么多钱搞科学发明？除非他有别的办法。...
7博士好像没有家人。这是为什么呢？如果医生真的是老大，不结婚不跟家人在一起很正常。
今天，众所周知，青山刚昌是一个喜欢与不同国家的文化相联系的人(比如他喜欢拼写单词，用其他国家的语言读某个单词)，但汉语中“博士”的发音不是“老板”的谐音吗？
⑨第311集伏特加酒本来是要和板仓交易的，然后他的手下埋伏在周围。从Gin拿着枪问伏特加的对话来看，这个任务应该和Gin无关，但是他为什么会出现呢？原因只有一个。假设医生是老板，医生打电话给他才报警，可能还是说信义的孩子去了伏特加酒，抹掉了证据，保住了性命。而且他肯定被告知柯南的麻醉针用过了，所以他可以放心。所以问谁进过隧道，说到孩子，Gin就知道了。而这个绝密，伏特加肯定是不为人知的，于是我把烟头扔了，把手套脱了，把胶带撕了留下指纹，然后杜松子酒就来阻止了，但是我又不能把事情说得太清楚。而且他们查柜子的时候Gin只拉了两个，最后藏柯南的柜子只开了一条缝，就是为了吓唬他，所以不要再跟着他们的行踪了，不然你死的很惨，下次就没有医生罩着了。而且像Gin这么高智商的人，会彻底检查所有可能的地方，哪怕每个柜子都被打开，我也不奇怪。所以这是保留生命的证据。
此外，还有一个稍弱的依据，那就是青山刚昌总是喜欢给人意想不到的结局。比如朱迪是正义一方的美国联邦调查局特工，但在345集之前，她表现得像个组织人士；同样，医生也是一个善良的好人，从第一集开始就在现场。青山也有可能把他定为真正的老大。[编辑此段]阿笠博士≠BOSS猜想阿笠博士≠BOSS有很多基地。如下图。
1.“阿丽”一词被拆分成“李阿祝”，在被拆分之前也是从日文翻译成中文。这显然是中国观众的猜测。日语里阿里不都是这样写的吗？
(1)海原爱是一个对组织比较敏感的人(比如509集的表现)，每天生活在博士身边，会不会没什么感觉？
(2)10剧场版结尾，柯南和平治在破解电脑密码，从而释放了ID的时间引爆。当时所有人都在酒店里。最后，警官不让阿笠博士进去，但阿笠博士说，“我不能离开孩子们。”当时，没有人确定柯南和平治能否成功破解本我，但阿笠博士选择了和孩子们一起死去。
(3)如果阿笠博士真的是黑组织的头目，阿沙拉也是柯南身边的卧底。然后剧场版5，电视版178集，真人版2...黑人组织都想杀阿沙拉，这显然不是演戏，因为他们真的做到了。
(4)如果阿里真的利用新一威胁新一的父母出国，他们早就应该在国外采取行动了，至少他们不希望自己无知的儿子落入黑组织头目的手中。
⑤《银杏色里的初恋》里，当时看到阿里，谁也不会想到他会是黑组织的头目。如果青山真的打算在结局中宣布阿笠博士是黑组织的首领，那岂不是和银杏色的初恋太格格不入了？青山连这个都不会知道。
6.如果阿笠博士真的是涉黑组织的头目，那么他就不应该为柯南发明那些抓贼的道具，让他在柯南破案的时候可以身处险境，以免抓到凶手。
7.不管你怎么说，阿笠博士老了，忘记一些事情是正常的。而且现实中的一些细节往往是动画中没有表现出来的。而且别忘了，名侦探柯南的主角是谁？即使青山在现实中展现了很多细节，也应该集中在柯南、小兰、阿沙拉这样的人物身上。
⑧一个关键问题，没人能解释阿里是怎么从一个普通人变成黑组织的头目的。如果青山真的打算让阿里做黑组织的头目，应该在电视版和剧场版也有所表现，但是现在找不到任何线索。
⑨名侦探柯南剧场版《贝克街之死者》，一个又一个孩子从游戏中消失，轮到海原爱的时候，只有阿笠博士一个人在心里默念着《小哀》，每次柯南自己去找真凶的时候，他心里都会为柯南担心。如果阿里真的是BOSS，为什么只在心里默念？这足以证明阿笠博士是真心实意地为新一和小忧担心，否则他也不会穿插这么多“废话”了。
10.在基德试图偷王人之石的那一集里，足原说他已经知道老大是谁了，那么为什么足原在231和340集里会担心医生会被苦艾酒杀死呢？
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