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生化危机5紧随4的结尾，吉尔下达了拍摄的命令。在船上，爱丽丝开始努力战斗。伞派的一架飞机的飞行员被爱丽丝开枪打死，飞机坠毁，爱丽丝也被吹到水里昏迷不醒。这时，爱丽丝的克隆体在保护伞公司水下基地的郊区模拟生化实验室醒来。她在实验室的身份是一个生活安静幸福的郊区女人，有一个可爱的女儿叫贝基。此时，她正躺在自己的床上，被丈夫唤醒(实验室里的一切都是克隆的，实验室的目的是找出控制生化危机的根本方法。保护伞公司给了他们对生化危机的本能反应)。这时实验室开始运转，克隆人家里出现了大量的丧尸。丈夫与僵尸对峙，克隆人和她的女儿逃脱了。(女儿和老公是克隆人，老公本来是生化2和3里出现的卡洛斯，3里死了，这里是克隆人)。她被一个在街上开车的女人救了(她是前生化危机1团队的成员，现在有一个克隆人，本体已经死了)。结果汽车意外翻车，女子晕倒，爱丽丝克隆和女儿继续逃跑。他们逃进了一所房子，但僵尸还是破门而入。克隆爱丽丝为了保护女儿与僵尸搏斗。她被她变异的丈夫杀死了。

就在这时，爱丽丝醒来，发现自己被囚禁在保护伞公司的牢房里。当吉尔上台时(她已经被保护伞公司控制，失去了所有记忆)，吉尔冷冷地问了爱丽丝一个问题。如果爱丽丝不相干，吉尔会发出难以忍受的噪音来折磨爱丽丝。几经辗转，有人黑进了保护伞公司的电脑，吉尔睡着了。爱丽丝被释放了，并得到了一套黑色西装穿。不久后，吉尔醒来，命令激光杀死爱丽丝，但没有成功。爱丽丝进入东京模拟实验室(这里的场景原本是《生化危机4》开头的一个蓝衣女子的变异咬伤，是场景副本，都是克隆体)。在与僵尸大打出手后，她认识了艾达，得知闯入电脑的人是韦斯克。韦斯克解释了这里的情况。派一队人去帮助艾达和爱丽丝逃离这里。(组员有卢瑟？韦斯特侥幸逃过一劫，但没过多久，侯红就重新控制了这个基地。艾达和爱丽丝开始逃跑。吉尔开始打猎。在逃亡过程中，艾达和爱丽丝与两个巨斧僵尸(在4部电影中出现过)进行了战斗。克隆的女儿在郊区实验室被发现。整改结束后，她刚想离开就遇到了吉尔带领的团队，一场激战就此展开(团队里的人也是克隆人)。为了保护爱丽丝，艾达被吉尔扣为人质。爱丽丝带着她的克隆女儿跑了，在路上又遇到了开车的女人。经过讨论，爱丽丝暂时把女儿交给那个女人保护，去找卢瑟、里昂等人。加入卢瑟队后，他们被大型舔食者追捕。爱丽丝开车逃跑真是千钧一发，舔食者被压在废墟下。爱丽丝和队员们回去找她的女儿和那个女人，一起跑了。但在电梯上，大舔食者再次逃脱，带走了克隆的女儿，并杀死了正在开车的女子。正当爱丽丝出发去救她的女儿时，吉尔和其他人追上了莱昂、卢瑟和巴里(团队成员)。