泥土样本
最近十年，由遗骸取得古代DNA 的研究成为显学，让我们更深刻地认识人类与其他生物的演化历史。遗骸之外，少数研究也由其他材料获得 DNA， 牙结石、钙化结核、死海古卷（ 就是那个死海古卷 ！）、擦过古书页面的橡皮擦屑屑，甚至是口香糖，都有成功的案例。[1, 2, 3, 4, 5]
泥土里有古生物的 DNA？！Is There DNA in Dirt?最新发表的论文，则是由遗址中的泥土分离 DNA，拼凑出尼安德塔人部分的基因组。除了感叹新技术出神入化，未来大有可为之外，对于尼安德塔人的大历史，这项研究也带来全新的视角。[6, 7, 8]
由遗址泥土取得目标 DNA遗址中可以没有化石，没有石器，但是一定有很多很多土。生物去世以后 DNA 分解，都散落到周围的土壤里，假如遗址的地层中仍然存在化石，照理说 DNA 也有机会生还。
问题是，各种生物的 DNA 片段都可能留在土里，非常不容易分辨。泥土取样往往不是无法抓到，而是里头有太多动物、植物及微生物杂乱的 DNA。
如此杂乱的样本中，仍然有机会只分离出想要的特定 DNA，不过必需先设定好要抓谁，设计和目标序列互补的探针。
西班牙 Galería de las Estatuas 遗址内部。挖土！参考资料 72017 年发表的论文在多处遗址，成功抓到多种动物，包括尼安德塔人的粒线体 DNA，证实从泥土中取得特定 DNA 片段是可行的。2020 年的论文则在青藏高原的夏河，白石崖溶洞的不同地层中，获得丹尼索瓦人的粒线体 DNA。[9, 10]
然而，粒线体和细胞核是两种独立遗传的单位，承载的资讯量差异极大。以人类来说，粒线体约有 16500 个碱基对，细胞核内的染色体合计则有 30 亿。可想而知，即使能捕获粒线体的所有 DNA，相比于细胞核基因组也微乎其微，抓下 30 亿个碱基对的难度完全是不同次元。
所幸尼安德塔人和智人之间，遗传差异可谓大同小异，为求便利，可以不用捕捉整个基因组，只要选择尼安德塔人独特的 DNA 变异，针对那些部分即可。
研究者根据这个思路设计探针，锁定尼安德塔人基因组上 160 万处可能的变异位置，假如泥土样本中的 DNA 片段对得上，就会被抓下来进一步分析。
遗址与样本的地理位置，Chagyrskaya、丹尼索瓦洞穴位于中亚，Mezmaiskaya 在高加索，其余遗址位于欧洲。参考资料 6深入探讨的遗址有三处，中亚的丹尼索瓦洞穴及其西边一些的 Chagyrskaya Cave，都曾经获得过高品质的尼安德塔人基因组，适合作比较。两处遗址取得的「泥尼」DNA，遗传变异和当地已知的同类最接近，没什么意外，也证明新的取样与分析办法是可行的。
西班牙同地尼安德塔人，先后属于不同遗传族群另一处遗址 Galería de las Estatuas（Estatuas）位于西班牙的东北部，可分为多层，年代介于 7 到 11 万年前；出土约 500 件石器，皆属于莫斯特风格（Mousterian）。此处应该曾经是尼安德塔人的家园，但是只留下一件残缺的脚趾化石。
西班牙 Galería de las Estatuas 遗址的地层，及其内容。参考资料 6依照新的泥尼技术，成功由此处 4 个地层分离出尼安德塔人的 DNA，证实他们曾经长居此地。有趣的是：
较早和较晚的尼安德塔人，分别属于不同的遗传族群。
假如只有年代先后的 2 个样本，乍看之下一定会是，一前一后的延续关系。不过古代DNA 研究至今，已经累积 18 位尼安德塔人（分别来自 14 处遗址），4 位丹尼索瓦人和 1 位半尼半丹（皆来自丹尼索瓦洞穴 1 处）的基因组 ，可以更精细地比较大家的亲戚关系。
西班牙 Galería de las Estatuas 遗址，较早和较晚的尼安德塔人，分别属于不同遗传族群。参考资料 6Estatuas 遗址年代较早的 pit I Layer 4 地层中，距今约 11.2 万年的尼安德塔人，和德国的 Hohlenstein-Stadel、Scalding 遗址（距今约 12 万年），还有丹尼索瓦洞穴较早的尼安德塔人（称为 Denisova 5 或 Altai Neanderthal，生活在 9 到 13 万年前之间某个时候），基因组最为接近，他们的 ***同祖先可以追溯到 13.5 万年前 。据此推论尼安德塔人，这段期间有过一波扩张与分化。
Estatuas 遗址年代较晚的 pit I Layer 3 地层距今约 10.7 万年，而 pit I Layer 2、pit II Layer 2 又更晚一些。这 3 个地层的尼安德塔人，基因组最接近高加索 7 万年前的 Mezmaiskaya 1，以及中亚 6 万年前（或 8 万）的 Chagyrskaya 8。 估计他们的***同祖先能追溯到 10.5 万年前，那时可能有过另一波扩张与分化 。
然而，距今 10.5 万年过后的尼安德塔人们，全都衍生自 13.5 万年前分家潮中的其中一支。也就是说：
尼安德塔人更早之前累积的遗传多样性，距今 11 万年前过后，大部分都丧失了。在此之后的尼安德塔人，不论住在哪儿，遗传上皆能追溯到差异很有限的一个分支。
根据基因组的差异，建构尼安德塔人之间的亲戚关系。参考资料 6古人类学家早就注意到，距今 10 万年内的尼安德塔人之间，型态差异相当有限，或许和这回得知的大灭团有关。
除了遗传与型态，超过 10 万年前，各地尼安德塔人一度发展出的文化多样性（如克罗埃西亚的鹰骨饰品），经此瓶颈之后，恐怕也损失惨重。
每过数万年，尼安德塔人就面临一次瓶颈考验？假如把十多万年前西班牙尼安德塔人的兴衰，视为「扩张—灭团—扩张」模式，非常有趣的是，此一模式也许不只上演一次。
根据粒线体 DNA 建构的演化树，距今大约 7 万年过后的尼安德塔人，似乎也自成一群，能追溯到更近期的***同祖先。倘若粒线体能代表每个年代，不同地点的尼安德塔人，那么上述状况反映出的是：
尼安德塔人的亲戚关系，和年代比较有关，而不是地点。
处于同一个时间段，例如距今 4 到 7 万年前之间的尼安德塔人，遗传上也和这段期间的同类比较近，却和住在同一地点，年代较早的尼安德塔人更加疏远。
最明确的实例是，4.3 万年前住在高加索的尼安德塔人，和住在比利时，同为 4.3 万年前的同类较为亲近，反倒与 7 万年前一样住在高加索的尼安德塔人更疏远。
一如更早之前，西班牙 10 多万年前的尼安德塔人，和随后高加索、中亚的人血缘较近，却与同一遗址 11.2 万年前的同类较远。
根据粒线体的差异，建构尼安德塔人之间的亲戚关系。参考资料 6尼安德塔人的扩张与萎缩，似乎和大环境变化关系密切，例如距今 10 万多年前是气候宜人的间冰期，倾向促进族群膨胀。
而距今 5.7 到 7.1 万年前的冰河时期，天寒地冻下尼安德塔遗址的数量大减，分布范围大部份偏南。每经过一次类似的瓶颈阶段，尼安德塔人或许便损失一部分遗传多样性。
事后回顾，距今 4 万年前左右，尼安德塔人面临最后一次瓶颈，各地族群陆续消逝的逆境下，西班牙成为尼安德塔人最后的据点，之前几次也是如此吗？随即尼安德塔人全面灭团，为什么这回无法再次伟大？这些是人类演化史上，有待回答的重要问题。
泥土中的 DNA，将滋养更多演化树！当然这类扩张与萎缩事件有许多影响因素，不只和气候变迁相关。另外，
虽然在奋斗多年后累积不少遗传样本，现有的数量和代表性其实仍相当有限，无法支持任何肯定的答案。上述论点目前只能视为大胆的推理。
乐观想，定序古代DNA 的技术成熟后，新的样本不断问世，如今又成功研发出「泥尼」技术，可能获得基因组的范围、数量都大大增加。尼安德塔人的演化大树，可以预见将愈来愈完整。
这种熊不行！。新冠》日本熊本熊 暂停与游客直接接触探讨人类演化史以外，新技术也能用于其他生物。最近便有一项研究，从墨西哥的遗址泥土中，获得距今约 1.5 万年的美洲黑熊（Ursus americanus），还有已经灭绝的大短面熊（giant short-faced bear，学名 Arctodus simus）部分基因组。[11]
扩及其他生物，只是时间问题。令人回忆起帕波曾言：