黑色圣殿的圣黑狂潮
在帝国防卫军失守宁波撒后，帝国开始发动一轮大规模反攻。反攻的先锋正是无与伦比的黑暗圣堂军团。
反攻的第一枪在异型建立的行星轨道基地打响。黑暗圣堂的巡洋舰多恩之怒号利用其高速冒着强大的火力向基地挺进，并且使用登陆舱以及雷鹰突破了基地外层，直奔目标普莱姆斯空间站。最终堡主佛科特的军团成功率先突入。
普莱姆斯里的火战士们充分利用空间站走廊进行着伏击战。不过黑暗圣堂则小队拆散并且从多个方向突破，利用手雷和链锯剑撕裂空间站的墙壁，从而包抄粉碎了那些不善近战的顽抗异型。
在打通了轨道站的火炮控制室后，陆战队立刻用轨道站上的火炮，在帝国海军的协同突袭下，摧毁了剩余的轨道空间站。
与此同时，极限军团一连突入宁波撒上的钛族堡垒，摧毁了防空炮塔并且干净利落地处理了钛族指挥官。此次战役以帝国完胜告终。
宁波撒纪念旗：尽管钛族拥有先进的科技，并且让帝国蒙受了巨大的损失，黑暗圣堂坚定而无情地重申了帝国的教义：人类才是这个银河最完美的生物，其他异族只有被消灭的命运。
杰鲁拉斯圣战由最高元帅鲁道杜斯于645.M39发动。正是在该战役中首次使用了兰德袭击者十字军型。杰鲁拉斯是个长时间与世绝的星系，最终被帝国重新发现。帝国进行了合并这些世界的努力，不过由于该星系长久以来一直相当繁荣而且独立，故而对帝国的合并要求嗤之以鼻。派往传播大人类世界一统思想的传教士甚至遭到了杀害。很快更多的牧师抵达了，不过这次他们的传道得到了黑暗圣堂的鼎力支持。
圣战让所有的周边世界俯首称臣并且孤立了杰鲁拉斯星系首府杰鲁拉斯行星。该行星是个高加固的巢都世界，黑暗圣堂的每发动一次围攻都有不小的损失。
这场圣战最终变成了一次攻城，而圣堂们不像他们的母团帝国之拳那样善于攻城。防御者叫嚣着说他们的堡垒就是在大圣战时由洛高.多恩本人亲自设计的，这更加触怒了暗黑圣堂，使他们下定决心要赢得这场胜利。最终，他们发现了古老的科技奥义，技术军士西玛古斯以此研发出了兰德袭击者十字军。这种新式的兰德袭击者使得圣战军撕开了防线，挺进巢都。最终，所有巢都城市或被攻占或缴械投降。
杰鲁拉斯纪念旗：杰鲁拉斯城破之日，黑暗圣堂遂按此世界之古法将百分之一的叛乱者处决，旗上的利剑代表着鲁道杜斯最高元帅，被吊的骷髅代表被处决的叛乱者。
昏庸的内政部最高领主郭格.樊迪尔自称自己为统摄国教庭以及内政部的最高领袖，并且开始了著名的“血腥统治时期”，数百万人因为这家伙的偏执妄想症而遭到屠杀。残酷镇压与疯狂的屠杀者是他那个统治时代的标志，直到一个神圣的人物赛巴斯提安.托尔重新统一了那些仍然有着坚定信仰的人反对樊迪尔。在这时期，黑暗圣堂很少关心帝国的事务，不多当圣战舰队返回太平星域时却发现战团的占有世界居然遭到了轨道轰炸，樊迪尔的叛乱被充分证实。最高元帅塞基南杜斯宣布对樊迪尔发动圣战，一起进攻的还有母团帝国之拳，以及火鹰，饮魂者，火星技术守卫，不过黑暗圣堂还是独自进攻了地球。
数月来，混合大军对国教庭的围攻没有丝毫进展，直到皇帝冠军纳威尔在外墙上打破了一个缺口。战斗异常激烈，当战团的旗手倒下时，纳威尔自己扛起了这圣物带领着部队从缺口中赢得了胜利。战斗后，帝国之拳的团长拉泽兰授予纳威尔军旗连长称号以表彰其无与伦比的勇气。在攻占了外墙后，忠于皇帝的军队开始了夺取皇宫内部辖区的战斗，这在荷鲁斯反叛后从未发生过。攻城在皇帝新娘首领阿里西亚.多米尼卡杀死了樊迪尔后结束。樊迪尔死后，赛巴斯提安.托尔成为了国教庭主教，塞基南杜斯则带领着他从太平星域带来的战士继续着镇压皇帝之敌。尽管樊迪尔之死结束了血腥统治时期，不过叛教时代却持续了数个世纪，塞基南杜斯用尽了他的余生将那些叛离皇帝者一一消灭。
神圣地球荣誉纪念旗：将神圣地球描绘在荣誉旗上是任何其他帝国势力想都不敢想的无比荣誉，而暗黑圣堂——皇帝的冠军们就享有这项绝无仅有的荣誉。被双头鹰所束缚的国教标志代表了皇帝新娘，同样也隐含着宗教必须服从并低于帝国意志的意味。
在对佩拉贡星群的刺客庭宣战后，最高元帅鲁道杜斯统一与恶魔审判庭之一员范库鲁斯的审判庭部队一同作战，同时还有来自血腥玫瑰修女会的一支部队。他们追踪刺客庭至佩拉贡Ⅳ，一个多山地河谷熔岩的行星。最初的登录遭遇了零星抵抗，不过最终，黑暗圣堂（包括年轻的新信徒赫尔布莱茨）以及修女会以强大的攻势将刺客部队打退至他们的神殿，一座坐落于活火山中央的建筑。鲁道杜斯迅速突击了火山的堡垒，他的长剑兄弟们拿下了大门并且持续防守直到帝国部队突破防线。当黑暗圣堂和修女会如暴风骤雨般涌入柱状的火山内部后。审判官范库鲁斯直面刺客导师并且杀了他，不过他受了很重的伤。
不过这一切只是他毁灭的开始，当刺客导师的力量衰退时他开始显现恶魔的力量，在一道黑色光芒后，这恶魔之力控制了虚弱的审判官。一个强大的恐虐恶魔控制了审判官的肉体，转过头来开始对付他之前的盟友，并且瞬间杀了十二个兄弟。最高元帅鲁道杜斯，皇帝冠军欧力卡斯和杰西冥女牧师面对著名为火血之战的大魔。忍受着剧痛，这些英雄以强大的力量和坚定的意志与之抗战，不过看来恶魔的力量似乎更大。在绝望之中，鲁道杜斯向熔岩掷出了一个灌满挥发性圣油与高爆物的安提拉圣球。爆炸将整个地表撕裂并引发了剧烈的地震，岩石与岩柱纷纷倒入沸腾的底部。被控制的审判官跌入了岩浆之中，而帝国士兵们也迅速逃离了现场以免和他们的敌人一起葬身火海。雷鹰炮艇机冒着重重喷发前来迎接剩下的修女和黑暗圣堂，尽管许多炮艇机随后因火山尘雾而迷失，不过大部队得以逃离。为了确保没有任何恶魔与信徒的痕迹存在，鲁道杜斯下令对地表进行不间断的轨道轰炸，直到撕开地表，将整个地表淹没在岩浆下为止。
范库鲁斯纪念旗：这个被斩杀的大魔先后附身到了刺客长老和恶魔审判官的上，虽然他们曾经都是皇帝忠诚的仆人，但被玷污者绝不估容。破碎的地表和沸腾的地幔表示这个星球在黑暗圣堂的强大舰队火力下支离破碎。 在一支自称为“神圣军队”的组织控制了位于奥提马星域长期默默无闻的巢都世界拉斯特来提后，他们进行了一次大清洗，即使是最轻微的变异都被消灭干净，整个世界都被一种基因病毒所彻底洗礼，只有最纯洁的人类活了下来。在经过这场“净化”后，一度拥有14亿人口的巢都只剩下了250万居民。
拉斯特来提从此变为了一个圣地，数个世纪来，不断有人前来见证异端之丘和纯洁平原，前者堆满了变异者的尸体，后者充满着神圣的光芒。正在进行阿萨拉圣战的基佛哈特元帅慕名来到此世界，以见证纯洁的奇迹。然而，当他发现此地居然还有血腥的人祭时，元帅立刻下令在圣战开始前将此世界再次彻底清洗，与人祭无关的居民被赦免一死，这同样也为基佛哈特元帅在此数年后获得的报恩埋下了伏笔。
拉斯特来提纪念旗：此旗代表着在异端之丘上，那些滥杀无辜的血腥暴徒被基佛哈特元帅处以火刑，通过这次行动，这个饱受苦难的世界再度回到皇帝圣光的笼罩之中。
最高元帅赫尔布莱茨携同三支黑暗圣堂crusade军应求驰援阿米几多顿。欧克头目Ghazghkull Mag Uruk Thraka带领着自记忆中以来最大一次的waaaaaaaaagh！被包围的星系以及世界在欧克入侵下迅速陷落，尽管阿米几多顿的舰队尽了全力阻止欧克入侵，但入侵过于庞大，无法阻挡。黑暗圣堂在阿米几多顿上进行了殊死的战斗，不过他们最大的功绩还是在太空中取得的。
阿米几多顿纪念旗：斩首的骷髅象征着战败之种族——欧克，大铁十字黑剑代表着暗黑圣堂最高元帅，右下角的七星图代表着阿米几多顿诸世界。
在基茨莫特的waaagh!攻势下，所有迪克雷茨星系的世界一夜之间全部陷落。深红之拳迅速派往对付欧克入侵者。在抵达后，战团立刻利用打了就跑战术取得了不菲的战绩。
不过，在欧克开始全面入侵后，深红之拳开始后退。他们需要紧急支援。庞大的欧克部队直指无价的迪克雷茨Ⅳ铸造世界以及上面稠密的人口。帝国无法容忍这些世界落入兽手。临近的黑暗圣堂立刻投入战斗，马上，战局再度陷入僵局。在迪克雷茨Ⅶ上，星系的命运就此一搏。
基茨莫特最后被一个皇帝冠军在贫瘠之原上杀死。在没有指挥官的情况下，基茨莫特的部队失去了中心并且迅速弃兵卸甲，落荒而逃。自此，战役进入了扫荡阶段。深红之拳以及暗黑圣堂经常在战斗中陷入以一敌五的状况。不过，两个战团都在战场上赢得了荣誉并且成为了迪克雷茨永远的英雄。
基茨莫特荣誉旗：少有的双战团荣誉旗，预示着两个同母团战团间渊源流长的特殊关系。
在尼福利亚Ⅱ上一个小型但危险的宗教团体必须被清除。在异端审判庭调查并移交死亡守望进行打击侦查后发现由于一个基因领主的渗透，一大批赛图斯巢都的居民已经遭感染。这一杂交将对整个人类世界造成的精神与肉体上影响长达数年。
很明显，赛图斯巢都成为了令人可怖的泰伦先锋的登陆地。异型的影响必须被清除，所有巢都必须遭净化。暗黑圣堂应求以正义之狂暴将皇帝之光重新普照赛图斯巢都。
基因主教和它的跟随者躲藏在巢都的黑暗深处。要找到并消灭它需要很长一段时间。管道组成的迷宫，道路，地道和被遗忘的城市成为了一个充满死亡而独特的战场。暗黑圣堂在这狭长的走廊中不断与泰伦虫群战斗。在缓慢而巨大的代价下，每个区域都被清了个底朝天。赛图斯巢都以及尼福利亚Ⅱ在暗黑圣堂的努力下转危为安。
赛图斯纪念旗：在高耸的巢都之上，勇敢的骑士演绎着古老的屠戮史诗，尽管大多数战斗都是在巢都的地底进行的。
在乔耐德圣战中，暗黑圣堂应审判庭之邀帮助其夺回一些重要的信息以及圣物。
乔耐德行星上坐落着一个帝国研究中心，其中有无数为帝国海军工作的机械教徒，比如推进器或者激光炮的研发。这个研发所有着秘密的造物和圣物，同样还有着可能引领向黑暗异端的东西。在毫无征兆的情况下，乔耐德的都市中瞬间发生了公开叛乱，对当地的人口和研究所造成了严重的威胁。
后来发现这是由于一些潜在灵能者被混沌的不洁之力以及谎言所欺骗，他们用虚空引擎在现实世界打开了一个虚空之门。一年之中，75%的人口沦为了混沌并且组成了一支大军，和混沌恶魔以及其他混沌生物发起了进攻。
在重夺世界的常规手段失败后，审判庭发布了灭绝令。不过，在灭绝令执行之前，黑暗圣堂的部署部队就夺回了还未遭污染的文件以及帝国人员。
桥奈德纪念旗：又一项无比光辉的荣耀，黑暗圣堂骑乘着“光矛”与“旋风”的烈焰，夺回了重要的物资和人员，在被救者眼中，他们就是驾着烈焰的救赎天使。 一支黑暗艾尔达速攻部队占领了一个诨名为“森特拉提之眼”的大型防御空间站，并且将那里的人员沦为奴隶，将其武器瞄准了森特拉提上的世界，杀死了行星表面数千人。
不过，黑暗艾尔达丝毫没有察觉到暗黑圣堂的战列舰出现在轨道上。当暗黑圣堂收到了防御平台上的立体传输影像并且探测到大量能源对地表的射击时，他们正好就在这个星球的另一面。
暗黑圣堂以他们的方式突袭了空间站，不过令他们惊奇的是他们不仅面对着暗黑艾尔达同时也面对着艾尔达军队。两支部队在彼此开火。暗黑圣堂丝毫不以此为意，与两个异型种族同时交火并且在随后的数月中将他们尽数剿灭。行星空间站再度夺回，而行星表面的异型也被全部消灭。
森特拉提纪念旗：无畏的骑士们又一次以皇帝之铁手保卫了他的世界，巍然不动的持盾铁骑士象征着永远不朽，永不妥协的帝国精神，作为死亡天使的他们将把他的圣火带到每一个人类世界。